Ein von Brandnarben gezeichneter, geheimnisvoller Mann attackiert Agent Doggett in seinem Büro. Weil er über die Verschwörung der Regierung, die Existenz von Aliens zu vertuschen, Bescheid weiß, hält man ihn erst für den verschollen geglaubten Mulder. Nur Scully erkennt bald seine wahre Identität.
Eine riesige Energiewolke bewegt sich auf die Erde zu. Unter dem Kommando von Captain Kirk soll das Raumschiff „U.S.S. Enterprise“ das gefährliche Phänomen untersuchen.
Die Erde ist in Gefahr, mehrere Raumschiffe und eine Raumstation wurden bereits zerstört. Im Inneren der Wolke scheint sich eine Intelligenz zu befinden, die konkrete Ziele verfolgt.
Der erste Kinofilm der erfolgreichen... Star Trek: Der Film