In der Nähe eines unscheinbaren Vorstadthauses bei Los Angeles werden kurz hintereinander zwei junge Männer tot aufgefunden. Offenbar sind sie durch das Dach geschleudert worden und stürzten aus großer Höhe zu Boden. Die Agents Doggett und Reyes nehmen das fragliche Haus unter die Lupe und entdecken einen sonderbaren Bewohner.
Eine riesige Energiewolke bewegt sich auf die Erde zu. Unter dem Kommando von Captain Kirk soll das Raumschiff „U.S.S. Enterprise“ das gefährliche Phänomen untersuchen.
Die Erde ist in Gefahr, mehrere Raumschiffe und eine Raumstation wurden bereits zerstört. Im Inneren der Wolke scheint sich eine Intelligenz zu befinden, die konkrete Ziele verfolgt.
Der erste Kinofilm der erfolgreichen... Star Trek: Der Film